Boa tarde amigo,
Para essa dúvida e outras como essa o mais certo é consultar o direito canônico, que trata dos direitos e deveres de todo os fiéis. O link que segue traz a parte que te interessa, no capítulo 4 da seção que trata do sacramento do batismo, cânone 873:
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paroquiacaraubas.blogspot.com.br]
A primeira vista o caso que relatou não pareceria problemático, mas infelizmente acho que o código do direito canônico não autoriza a solução que deseja. Se eu estiver certo, e tentando entender o porquê do código ser como é, posso lembrar que a regra é para todos os casos e deve contemplar todos de modo imparcial. Não é tão difícil imaginar casos onde as exceções criariam problemas, e se pudessem 2, porque não 3 ou 4 padrinhos/madrinhas? Fosse assim poderia acabar em confusão não escolher todos os nomes possíveis, para que ninguém se sentisse esquecido ou excluído.
Lembrando que existem outras formas de fortalecer os laços espirituais em família, como as orações em conjunto ou participarem juntos na missa, espero que não seja um problema se somente uma das meninas puder ser a madrinha.
Seja como for, talvez seja bom conversar com o seu pároco.
Fica com Deus.